Concrètement, les objets analysés (dans la présente version du programme, l’ensemble des individus) sont vus comme un nuage de points dans un hyperespace qui a autant de dimensions qu’il y a de modalités (ici les allèles) sur toutes les variables (ici les allèles aux différents locus). L’algorithme cherche les directions indépendantes (orthogonales) dans cet hyperespace le long desquelles l’inertie -grandeur qui, par analogie avec la physique, représente l'intégrale de la masse (ici par ex. le nombre d’individus en un point de l’hyperespace) multipliée par le carré de la distance au centre des coordonnées (encore appelé centre de gravité)- est maximale. Ces directions, qui sont définies par les vecteurs propres de la matrice (c à d. des combinaisons linéaires des vecteurs variables originaux), déterminent une série d’axes factoriels. Par convention, le premier axe est celui qui a la plus forte contribution à l’inertie totale.
Pour utiliser les données génotypiques individuelles chaque
individu est représenté par son score pour chaque modalité
de chaque variable (les allèles aux différents locus), soit
0 pour l’absence, 1 pour la présence de l’allèle à
l’état hétérozygote et 2 pour l’état homozygote.
Pour chaque axe déterminé lors de l’analyse, un ensemble
de coefficients pour chacun des individus et des allèles sont également
calculés, il s’agit :
1/ des contributions absolues : exprimant la part prise par un élément
donné (individu ou allèles) dans l’inertie expliquée
par un facteur.
2/ des contributions relatives : qui expriment la part prise par l’axe
dans la contribution de l’individu ou l’allèle à l’inertie
totale (représentant la dispersion du nuage des points).
3/ des coordonnées de tous les points individus et allèles
aux différents axes, sauvegardés dans un fichier. Ce dernier
peut être utilisé dans un autre utilitaire graphique pour
dessiner des nuages de points. Ces coordonnées sont également
utilisées pour dessiner des nuages de points en deux ou trois dimensions,
auxquelles il est possible de faire subir des rotations et des zooms, pour
les visualiser sous des angles différents.