Le projet RegulBASS vise à réaliser par une approche de biologie intégrative une description de polymorphismes de régulation génique et, par conséquent, du déterminisme d’expressions différentielles chez un poisson marin d’intérêt aquicole, le bar (Dicentrarchus labrax).

RegulBASS porte spécifiquement sur la réponse au jeûne de cette espèce pour laquelle il existe une forte variabilité et une composante héritable : à la suite d’un jeûne prolongé, les bars peuvent répondre soit par une forte perte de poids (intolérance au jeûne) suivie par une forte croissance compensatrice lors de la levée de jeûne, soit par une faible perte de poids (tolérance au jeûne) suivie par une croissance compensatrice plus faible. Ce trait biologique est à la fois une composante importante de la valeur sélective des poissons en population naturelle -résistance aux périodes de carence alimentaire et changement de statut proie/prédateur dépendant de la vitesse de croissance- et un axe de sélection artificielle potentiel pour l’aquaculture -sélection d’individus ayant une meilleure efficacité alimentaire. Chez le bar, une sélection divergente a débuté sur ce trait complexe qui doit être complétée par la compréhension des mécanismes moléculaires qui la sous-tendent.

Dans ce projet, les approches retenues ciblent aussi bien le transcriptome que le génome afin d’identifier à partir d’individus appartenant aux différentes lignées, d’une part les gènes différemment exprimés dans plusieurs organes (foie et intestin) et de déterminer leurs ontologies, et d’autre part des polymorphismes nucléotidiques expliquant les différences d’expression et/ou potentiellement des signatures de sélection sur ou au voisinage des gènes considérés. RegulBASS met en œuvre des technologies de séquençage haut-débit de type RNA-seq (RNA-sequencing) et DGE (Digital Gene Expression) et profite de ressources génomiques acquises chez cette espèce (banques d’EST, séquence du génome 20X avec assemblage partiel), ou encore de sa proximité phylogénétique avec le génome séquencé de l’épinoche (Gasterosteus aculeatus). RegulBass implique également l’établissement du pedigree des individus afin de mieux cerner les patrons de ségrégation des différences d’expression observées.

RegulBASS cherche donc à établir une relation génotype-phénotype en faisant le lien entre profils d’expression géniques, polymorphismes nucléotidiques et performances physiologiques, métaboliques mais aussi comportementales des individus. Le projet intègre des expérimentations à chacun de ces niveaux et doit être complété par des études en populations naturelles.