La réunion est soutenue par:
Réunion du groupe de travail "Alignement et Phylogénie" (1993-2005)
Montpellier, Campus du CNRS, 1919 route de Mende
Salle des Colloques - Bat. administratif - 1er étage
ALPHY est un groupe de travail national autour des thèmes bioinformatique, phylogénie et évolution des génomes. Une réunion peu formelle et propice à la discussion est organisée chaque année. Elle se veut notamment un lieu de communication privilégiée pour les doctorants et les jeunes chercheurs du domaine.
| 10h30-10h45h | Accueil des participants |
| 10h45-11h00 | Michael Lamarre (UMR 6543 - LBV - Nice) EmblEX: Parser et extraire des données vers différents formats à partir des entrées EMBL. |
| 11h00-11h15 | Julien Dutheil (UMR 5171 - GPIA - Montpellier) BioLib: une bibliothèque C++ pour l'analyse de séquences et la phylogénie. |
| 11h15-12h15 | Vincent Daubin (UMR 5558 - BBE - Lyon) Evolution des répertoires géniques bactériens. |
| 12h15-13h45 | Repas |
| 13h45-14h15 | Richard Christen (UMR 6543 - LBV - Nice) Annotations des arbres de classification (phylogénie et transcriptome). |
| 14h15-14h45 | Alexis Criscuolo (UMR 5554 - ISEM / UMR 5506 - LIRMM - Montpellier) Nouvelles techniques de reconstruction de phylogénies synthétiques par combinaison de plusieurs matrices de distances. |
| 14h45-15h15 | Thomas Galewski (UMR 5554 - ISEM - Montpellier) ADN mitochondrial et ADN nucléaire pour la phylogénie des Rongeurs Arvicolinae : les deux côtés d'une même pièce ? |
| 15h15-15h45 | Josselin Bodilis (UPRES 2123 - ABISS - Rouen) Etude moléculaire et évolutive de la protéine majoritaire de surface des bactéries du genre Pseudomonas. |
| 15h45-16h15 | Pause |
| 16h15-16h45 | Nicolas Lartillot (UMR 5506 - LIRMM - Montpellier) Modélisation bayésienne de l'hétérogénéité entre sites. |
| 16h45-17h15 | Bastien Boussau (UMR 5558 - BBE - Lyon) Algorithme rapide pour la phylogénie en conditions non-homogènes et non-stationnaires. |
| 17h15-17h45 | Hugues Delalin (FRE 2499 - CRIL - Lens) Changement de représentation des acides-aminés pour l'alignement de séquences. |
| 9h30-9h45 | Eric Bazin (UMR 5171 - GPIA - Montpellier) Polymorphix: une base de données pour le polymorphisme de séquences. |
| 9h45-10h00 | François Chevenet (UMR 9926 - GEMI - Montpellier) TreeDyn: évolutions de l'éditeur d'arbres phylogénétiques ou de classifications. |
| 10h00-10h15 | Jérome Cance (UMR 9926 - GEMI - Montpellier) TreeSub: vers un éditeur pour la subdivision de gros arbres en collections de sous-arbres. |
| 10h15-10h30 | Julien Dutheil (UMR 5171 - GPIA - Montpellier) Baobab v.3, un éditeur de données phylogénétiques: arbres, séquences, XML. |
| 10h30-11h00 | Pause |
| 11h00-12h00 | Hugues Roest-Crollius (UM5 8541 - Dyogen - Paris) Archéologie in silico: la duplication du génome de Tetraodon révèle la structure du génome de notre dernier ancêtre commun de l'ère paléozoïque. |
| 12h00-13h30 | Repas |
| 13h30-14h00 | Quentin Sculo (UMR 8621- IGM - Orsay) Méthodes de reconstruction d'arbres phylogénomiques : retrouver un arbre des procaryotes congruent. |
| 14h00-14h30 | Jean-Pierre Flandrois (UMR 5558 - BBE - Lyon) Génération et visualisation de la phylogénie des Bacteria. |
| 14h30-15h00 | Emmanuelle Lerat (UMR 5558 - BBE - Lyon) Identification et évolution des pseudogènes dans les génomes bactériens. |
| 15h00-15h30 | Pause |
| 15h30-16h00 | Gilles Didier (UMR 6206 - IML - Marseille) Modèles d'évolution de séquence avec dépendances de voisinage. |
| 16h30-16h30 | Leonor Palmeira (UMR 5558 - BBE - Lyon) Robustesse des méthodes de reconstruction phylogénétiques face à un écart à l'hypothèse d'indépendance entre sites. |
| 16h30-17h00 | Adrien Goëffon (LERIA - Angers) Recherche locale à voisinage évolutif pour la reconstruction de phylogénies. |