Rémy Dernat


Ingénieur Réseaux Système et Télécommunication au CNRS depuis 2007 à Montpellier, je travaille actuellement (depuis 2011) dans un laboratoire de l'INEE, l'ISE-M.

Mes fonctions se concentrent autour de l'administration d'une plate-forme de calcul (mutualisée sur 10 laboratoires de recherche), ainsi que le développement de solutions autour de celle-ci. Plusieurs services sont proposés comme la réservation de machines performantes (SMP et GPU), le calcul au travers de deux clusters avec SGE ou bien la soumission de job par le site Web MBB ou le gestionnaire de Workflow galaxy.

La plate-forme MBB fait partie du LabEx CEMeB qui regroupe 10 laboratoires autour des thématiques de biodiversité et des écosystèmes.

Les solutions que nous utilisons en interne sont toutes OpenSource.

Mes développements peuvent s'articuler autour d'un projet de recherche ou d'un projet interne.

Je code essentiellement en Python, PHP en procédural mais aussi en POO. Je fais aussi de nombreux scripts en bash avec une utilisation non modérée des expressions régulières.

Je suis particulièrement intéressé par les nouvelles architectures systèmes (clouds, Big Data, containers), la mouvance DevOps, mais aussi par les solutions à base de systèmes ARM tels que les raspberryPI.

Quelques informations et projets supplémentaires ici, ici et ici.

Voir la température des pièces (sondes de température sur RaspberryPI avec systèmes d'alertes mail/SMS).

A propos

L'équipe calcul en quelques chiffres :

  • 3 personnes
  • ~ 300 utilisateurs réguliers sur l'ensemble des services
  • Plate-forme de calcul MBB :
  • Des machines de calcul performantes réservables (GPUs et noeuds épais manycores "bigmems" (64 coeurs / 512Go Ram))
    • Un cluster :
      • ~ 200 utilisateurs
      • ~550 coeurs
      • 2,6To RAM
    • Un serveur galaxy et une queue dédiée
    • Un serveur Web de workflows bioinformatiques et une queue dédiée
    • Un serveur rstudio
  • Plate-forme de calcul ISE-M :
    • Du stockage (autour de 1.5Po)
    • Un cluster :
      • ~ 140 utilisateurs
      • ~550 coeurs
      • 1.1To RAM
    • De nombreux services Web.

IBMM 2007-2011

J'étais responsable informatique et administrateur d'un parc de plus de 250 utilisateurs (pour autant de stations de travail (et même plus)) situé sur 3 sites géographiques différents.

A cette occasion, j'ai encadré de nombreux stagiaires et j'ai pu mener un grand nombre de projets.

Avant l'IBMM

J'ai été responsable d'un parc informatique dans un collège, et j'ai travaillé comme formateur C2I à l'Université de Nîmes, avant d'y devenir technicien système Linux (où j'avais notamment en charge les serveurs de messagerie et serveurs de nom).

J'ai aussi effectué de nombreux stages dans les domaines des réseaux/systèmes/télécommunications.

2005: stage d'administrateur système à la société Atonis Technologies, suite à une formation de 6 mois à la CCI de Nîmes. Mise en place d'un système de déploiement de packages pour leurs solutions.

2004: stage de 6 mois comme ingénieur réseaux au Conseil Général du Gard. Mise en place de la qualité de service sur le réseau (QoS) et de la Voix sur IP (VoIP).

2001: stage de DUT à l'usine Perrier. Sujet: changement de trajet des chariots filoguidés.

Principales actions de communication :

  • Présentation/Retour d'expérience à l'évènement "Les Technologies de conteneurisation dans le cloud et ailleurs" organisé par le groupe COMET du CNES (2018) : Les containeur sur HPC : Docker et Singularity (slides/pdf)
  • Intervention aux JDEVs 2017 sur Quelle place pour les conteneurs dans le monde du HPC ? (support, vidéo)
  • Lightning Talk aux JRES 2015 Gérer sa documentation en Markdown (support)
  • Présentation de OpenVZ lors d'une journée sur les conteneurs (support)
  • Je représente aussi régulièrement la plateforme MBB, notamment lors des journées de présentation des plateformes du LabEx CeMEB (les supports sont tous disponibles ici)

Actions de formations :

Je forme et je me forme régulièrement.

Actions réalisées en tant que formateur :

  • TP Singularity (disponible ici) lors d'une ANF ust4hpc réalisée en mai 2018
  • TP "Rocks Cluster" (disponible ici) lors d'une formation organisée conjointement par le CNRS et l'INRA : Installation et Exploitation d'un cluster de calcul (01/2016)
  • Organisation d'un atelier LXC et Singularity lors des JDEVs 2017
  • Au sein du LabEx CeMEB :
    • Utilisation de bash et des expressions régulières
    • Utilisation d'un cluster de calcul et parallélisation
  • Formateur C2i pour l'université de Nîmes (2006)

Publications comme co-auteur :

  • Comparative population genomics in animals uncovers the determinants of genetic diversity, August 2014, Nature 515(7526), DOI 10.1038/nature13685, Romiguier et al. (Pubmed)
  • Bushmeat genetics: setting up a reference framework for the DNA typing of African forest bushmeat, April 2015, Molecular Ecology Resources 15:633–651, Gaubert et al. (Pubmed)
  • Performance Evaluation of Container-based Virtualization for High Performance Computing Environments, Sept. 2017, arXiv:1709.10140, Arango et al.(arXiv)

Je suis également régulièrement cité, soit nommément, soit avec la plateforme MBB / calcul à l'ISEM (voir par exemple cette page)

Plongée (en club), salsa, cinéma, Science Fiction...