MBB Platform

name: Presentation Plateforme MBB
layout: true
class: backg, middle

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.center[![MBB](../../logos/mbb.png "MBB platform")]

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.center[![ISEM](../../logos/logo_isem.png "Hébergé à l'ISE-M") ![CEMEB](../../logos/cemeb_logo.jpg "Plateforme du LabEx CeMEB")]

.footnote[ Rémy Dernat, MBB platform, ISE-M / UMR5554 (UM, CNRS, IRD). CNRS ]

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.left-column[

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## Généralités
]

.right-column[

- Initiative de l'ISE-M,
- Missions :
 - Accompagnement de l'activité développement logiciel de notre communauté,
 - Mutualisation de ressources pour le calcul.
- MBB, l'équipe :
 - Khalid Belkhir,
 - Rémy Dernat,
 - et un CDD de soutien au développement logiciel.
]

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.left-column[

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## Liste des services
]

.right-column[

- MBB Web http://mbb.univ-montp2.fr
- Cluster de calcul
- Serveur Web Rstudio http://rstudio.mbb.univ-montp2.fr
- Réservation de machines performantes
<br /> http://mbb.univ-montp2.fr/grr
- Calcul GPU
- Plateforme Galaxy http://wgalaxy.mbb.univ-montp2.fr
- Soutien au développement logiciel
- Aide à la mise en place de formations pour un public LabEx
]

.footnote[ .red[*] Pour toute demande : http://kimura.univ-montp2.fr -> Helpdesk -> Nouvelle demande ]

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.left-column[

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## MBB Web .red[*]
]

.right-column[

- Accès par un navigateur Web,
- Des outils de notre communauté accessibles en ligne (Macse, DNABushmeat...),
- Des outils plus répandus accessibles en ligne (BlastDB, Structure...),
- Connecté au Cluster MBB pour soumettre les jobs,
- Permet également d'héberger des logiciels.
]

.footnote[.red[*] http://mbb.univ-montp2.fr ]

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.left-column[

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## Cluster de calcul
]

.right-column[

- Accès par SSH / terminal,
-  276 coeurs + 888Go RAM, accessibles par ce service,
- Du stockage partagé entre tous (quota par défaut = 70Go, extensible à 150Go sur demande).
- Soumission des jobs : premier arrivé, premier servi, avec certaines limites
 - "Fair share" pour éviter qu'un utilisateur ne bloque le cluster pour lui,
 -  80 jobs au maximum par utilisateur.
]

.center[![Armoire](rack.jpg "Armoire")]

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.left-column[

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## Rstudio .red[*]
]

.right-column[

- Accès par un navigateur Web,
- Permet de mettre au point des programmes R avec une interface agréable
 - Découpage de la fenêtre Web : historique, graphique, code, aide...
- Serveur ~390Go RAM, 8 coeurs.
]

.footnote[.red[*] http://rstudio.mbb.univ-montp2.fr ]

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.left-column[

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## "Bigmems"
]

.right-column[

- Accès par SSH / terminal,
- Demande de réservation en ligne .red[*],
- Pour projets spécifiques, gourmands en CPU et/ou RAM
-  3 machines en réservation actuellement :
 - chacune : ~512 Go RAM + 64 coeurs, stockage local de 3To à 6To, le temps de la réservation.
 - accès exclusif à la machine pendant maximum 3 semaines.
]

.center[![R720](powerEdgeR720.jpg "PE_R720")]

.footnote[.red[*] http://mbb.univ-montp2.fr/grr ]

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.left-column[

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## GPU
]

.right-column[

- Accès par SSH / terminal,
- Carte graphique, NVIDIA Tesla K20 (2496 coeurs, 5GB GDDR5),
- A l'étude : développement d'un service Web d'aide à l'identification automatique d'objets dans les images (Deep Learning).
]

.center[![GPU](gpu.png "GPU")]

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.left-column[

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## Galaxy .red[*]
]

.right-column[

- Accès avec un navigateur Web
- Serveur Web permettant de soumettre des suites de traitements (bioinformatiques) sur notre cluster avec un partage d'information possible (workflows, pages, historiques).
-  1 serveur Web + BDD et 2 noeuds de calcul performants dédiés (identiques aux "bigmems" réservables).
- Quota par défaut 1To. Accessible aux membres du LabEx mais fortement limité en nombre d'utilisateurs.
]

.footnote[.red[*] http://wgalaxy.mbb.univ-montp2.fr ]

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## Soutien au développement logiciel
<hr />

-  4 appels à projets ces 3 dernières années qui ont débouché sur une vingtaine de collaborations .red[*], allant d'une interface Web à un interfaçage avec le cluster, en passant par de l'optimisation (parallélisation) et le debugage de code,
- Une forge logiciel .green[*] avec des accès utilisateurs définis par nos services ou le responsable du projet,
- Procédure de recrutement en cours.

.footnote[ .red[*] Grâce à Julien Veyssier.

.green[*] http://gitlab.mbb.univ-montp2.fr ]

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### *Merci*
<hr />
.footnote[ Pour toute demande : http://kimura.univ-montp2.fr -> Helpdesk -> Nouvelle demande ]