MBB radseq intro

name: Présentation de MBB
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# Présentation de MBB

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##Une équipe
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- Khalid Belkhir
- Julien Veyssier .red[*]
- Rémy Dernat
]
.footnote[.red[*] Jusqu'à fin août  mais sera remplacé]

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## Des services pour les unités du LabEx CeMEB

- Calcul :
 - "Bigmem",
 - Cluster par SSH avec possibilité GPU,
 - Cluster par Web et Galaxy,
 - Environnement "rstudio",
- Développement logiciel en mode projet.
- Qqs limites/réserves aux services :
 - Quotas,
 - Division du cluster en "queues",
 - Ressources limitées,
 - Périmètre LabEx CeMEB.

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## Les "Bigmems"

- Actuellement : 3 machines dédiées à des équipes ISE-M + 2 machines dédiées galaxy + 2 réservables LabEx.
- Configuration Matérielle
 - Historiquement : 512Go de mémoire, 64 coeurs AMD, entre 3To et 6To de stockage internes le temps de la réservation ( = machines réservables / Galaxy).
 - Maintenant : plutôt 48 coeurs Intel + 384Go ou 512Go de RAM mais bcp plus de stockage (~ 10/12 To).
- Réservables en ligne si compte MBB http://mbb.univ-montp2.fr/grr
 - Sinon, faire une demande de compte: http://kimura.univ-montp2.fr/aide/index.php?a=add
ou http://kimura.univ-montp2.fr/calcul/ -> Helpdesk -> Nouvelle demande
- Penser à tout récupérer avant la fin de la réservation (transfert temporaire sur cluster dispo.) !

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## "Bigmems" dans le contexte de la formation

-  1 machine d'équipe PowerEdge R815 identique (bientôt réservable LabEx)
 - lxcbigmem1.mbb.univ-montp2.fr  [162.38.181.161]
- Les 2 machines réservables PowerEdge R815 12x4 coeurs, 512Go RAM. Plusieurs To stockage /media/bigvol.
 - lxcbigmem2.mbb.univ-montp2.fr  [162.38.181.162]
 - lxcbigmem3.mbb.univ-montp2.fr  [162.38.181.163]
-  2 machines récupérées du cluster PowerEdge R430 2x12 coeurs (x2 HT), 96Go RAM. Pas de stockage important.
 - lxcbigmem10.mbb.univ-montp2.fr [162.38.181.170]
 - lxcbigmem11.mbb.univ-montp2.fr [162.38.181.171]

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.left-column[

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## Connexion et transfert
]
.right-column[

- Connexion avec SSH :
```bash
# auto-login facilities
ssh-keygen -t rsa
ssh-copy-id binome1@lxcbigmem1.univ-montp2.fr
# login through SSH with DISPLAY export (and compression)
ssh -YC binome1@bigmem2.univ-montp2.fr
```
- Transfert : commande scp, sftp, rsync ou client graphique (Filezilla, Gftp...).
```bash
# to copy just a file in your home directory
scp file.txt binome1@lxcbigmem1.univ-montp2.fr:
# dos2unix file.txt
# copy the whole directory (Recursive) with properties
scp -Rp my-data/ binome1@lxcbigmem1.univ-montp2.fr:
scp -Rp my_sub-data/ binome1@lxcbigmem1.univ-montp2.fr:~/my_data/
```
]