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\usetheme{Montpellier}

\title{Montpellier Bioinformatics Biodiversity Platform - MBB}
\author{Rémy Dernat}

\begin{document}

\frame
{
  \begin{figure}[H]
  \centering
	\frametitle{Montpellier Bioinformatics Biodiversity Platform (MBB)}
	\includegraphics[scale=0.2]{../../logos/mbb.png}
  \includegraphics[scale=0.3]{../../logos/logo_isem.png}
	\includegraphics[scale=1.5]{../../logos/cemeb_logo.jpg}
	\end{figure}
}

\frame
{
	\frametitle{Montpellier Bioinformatics Biodiversity Platform (MBB)}
	\includegraphics[scale=0.3]{../AG_ISEM/personnel_mbb.png}
  \begin{itemize}
    \item<1-> Khalid Belkhir,
    \item<1-> Jimmy Lopez,
    \item<1-> Rémy Dernat.
  \end{itemize}
  Laboratoire ISE-M (\textasciitilde 300 personnes), LabEx CeMEB (10 unités = potentiel de \textasciitilde 3k utilisateurs)
}


\frame
{
	\frametitle{Liste des services 1/3}
  \begin{itemize}
    \item<1-> De la puissance de calcul
    \begin{itemize}
      \item<1-> Cluster MBB (500+ coeurs, 2.5To+ RAM),
      \item<1-> Cluster ISEM (500+ coeurs, 1To+ RAM),
      \item<1-> Machines réservables
      \begin{itemize}
        \item<1-> GPU (2* [4*TitanXp]),
        \item<1-> Bigmems (7* [64coeurs/512Go RAM + \textasciitilde 5 To de stockage] essentiellement pour projets NGS),
      \end{itemize}
    \end{itemize}
  \end{itemize}
  \includegraphics[scale=0.2]{titan_xp.jpg}
}

\frame
{
  \frametitle{Liste des services 2/3}
  \begin{itemize}
    \item<1-> Interfaces Web pour construction / soumission de jobs
    \begin{itemize}
      \item<1-> Rstudio depuis \textasciitilde 3 ans (\url{http://rstudio.mbb.univ-montp2.fr}) [serveur standalone 384Go de RAM],
      \item<1-> Galaxy depuis 2011 (\url{http://wgalaxy.mbb.univ-montp2.fr}), soumission sur 2 queues spécifiques dont une dédiée,
      \item<1-> MBB Web (\url{https://mbb.univ-montp2.fr}) soumission sur queue spécifique du Cluster MBB,
    \end{itemize}
  \end{itemize}
}

\frame
{
	\frametitle{Liste des services 3/3}
  \begin{itemize}
    \item<1-> Conseils et Développement
    \begin{itemize}
      \item<1-> Appui au développement,
      \item<1-> Partage de code (gitlab),
      \item<1-> Conseils (bio)informatiques pour des projets de recherche (bioinformatique, développement, systèmes d'information...),
    \end{itemize}
      \item<2-> Hébergement
    \begin{itemize}
      \item<2-> Web (applications Web et une quinzaine de blogs),
      \item<2-> FTP pour données NGS,
      \item<2-> Applications, bdd...
    \end{itemize}
  \end{itemize}
    \begin{figure}[H]
    \centering
	  \includegraphics[scale=0.04]{gitlab_logo.png}
	\end{figure}
}


\frame
{
	\frametitle{Volumétrie - calcul et utilisateurs}
	\begin{itemize}
	  \item<1-> Calcul
		  \begin{itemize}
			  \item<1-> 6500 jours/an Cluster MBB (11k jobs) et \textasciitilde 200 utilisateurs
			  \item<1-> 37000 jours/an Cluster ISEM (461k jobs) et \textasciitilde 130 utilisateurs
		  \end{itemize}
	  \item<1-> 49 utilisateurs forges, 70 utilisateurs MBB Web, 36 utilisateurs Galaxy, 33 pour rstudio.
	\end{itemize}
  \begin{figure}[H]
    \centering
	  \includegraphics[scale=0.3]{hpc_cluster.jpg}
	\end{figure}
}

\frame
{
  \frametitle{Volumétrie - stockage}
 	\begin{itemize}
  	\item<1-> Stockage
	  \begin{itemize}
      \item<1-> Une myriade de NAS sous ZFS ou ext3/4 de 5 à 100 To par NAS, partagés par NFS gérés par SaltStack. Des quantités de données qui explosent avec les données de séquençage type "NGS".
      \item<1-> Une simple analyse bioinfo = 66GB (Anton Nekrutenko, Galaxy). Un serveur Galaxy devrait pouvoir accéder à 500TB+ de stockage pour 40 utilisateurs s'il stockent 10 historiques (Nate Coraor, Galaxy).
      \newline \url{http://github.com/galaxyproject/dagobah-training/} (\{2016-saltlakecity,2017-melbourne\}/01-deployment-platforms/choices.html)
		\end{itemize}
	\end{itemize}
  \begin{figure}[H]
    \centering
	  \includegraphics[scale=0.2]{Galaxy_Project_logo.png}
	\end{figure}
}

\frame
{
  \frametitle{contacts, liens}
   	\begin{itemize}
      \item<1-> Point d'entrée : \url{https://kimura.univ-montp2.fr}
      \item<1-> MBB Web : \url{https://mbb.univ-montp2.fr}
      \item<1-> mbb@mbb.univ-montp2.fr  
   	\end{itemize}
}


\end{document}
