------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1, Febr. 1997 Written by Inge Jonassen, University of Bergen Norway email: inge@ii.uib.no For more information, see http://www.ii.uib.no/~inge/Pratt.html ------------------------------------------------------------ Please quote: I.Jonassen, J.F.Collins, D.G.Higgins. Protein Science 1995;4(8):1587-1595. ------------------------------------------------------------ Pratt version 2.1 Analysing 43 sequences from file /tmp/tmpweb/analseq/pr107744/in PATTERN CONSERVATION: CM: min Nr of Seqs to Match 35 C%: min Percentage Seqs to Match 81.4 PATTERN RESTRICTIONS : PP: pos in seq [off,complete,start] off PL: max Pattern Length 50 PN: max Nr of Pattern Symbols 50 PX: max Nr of consecutive x's 5 FN: max Nr of flexible spacers 2 FL: max Flexibility 2 FP: max Flex.Product 10 BI: Input Pattern Symbol File off BN: Nr of Pattern Symbols Initial Search 20 PATTERN SCORING: S: Scoring [info,mdl,tree,dist,ppv] info SEARCH PARAMETERS: G: Pattern Graph from [seq,al,query] seq E: Search Greediness 3 R: Pattern Refinement on RG: Generalise ambiguous symbols off OUTPUT: OF: Output Filename /tmp/tmpweb/analseq/pr107744/ou OP: PROSITE Pattern Format on ON: max number patterns 50 OA: max number Alignments 50 M: Print Patterns in sequences on MR: ratio for printing 10 MV: print vertically off Pratt run started at Mon Nov 28 11:29:13 2005 Best Patterns before refinement: fitness hits(seqs) Pattern 1: 14.6802 79( 35) E-x(3,5)-L-x(2)-E-x(3,5)-L 2: 12.5102 84( 41) L-x(2)-E-x(3)-L 3: 12.5102 58( 41) L-E-x(5)-L 4: 12.5102 37( 36) N-x(3)-A-x(3)-R 5: 12.0102 54( 35) L-x(4,5)-A-x-L 6: 12.0102 111( 42) L-x(2)-E-x(3,4)-L 7: 12.0102 96( 41) L-x(2)-E-x(2,3)-L 8: 12.0102 38( 35) N-x(2,3)-A-x(4)-R 9: 12.0102 112( 43) L-x(2,3)-E-x(3)-L 10: 12.0102 72( 41) L-E-x(4,5)-L 11: 12.0102 99( 41) L-x(1,2)-E-x(3)-L 12: 11.5102 86( 36) S-x(3,4)-S-x(3,4)-P 13: 11.5102 62( 35) A-x(2,3)-S-x(3,4)-S 14: 11.5102 82( 35) P-x(3,5)-S-S 15: 11.5102 82( 37) S-x(0,1)-P-x(3,4)-S 16: 11.5102 103( 35) S-x(4,5)-P-x(0,1)-S 17: 11.5102 141( 35) S-x(2,4)-S-x(5)-S 18: 11.5102 68( 35) L-x(0,1)-A-x(0,1)-L 19: 11.5102 96( 37) S-x(0,1)-P-x(4,5)-S 20: 11.5102 76( 35) S-x(0,2)-P-x(4)-S 21: 11.5102 65( 35) L-x(3,4)-A-x(0,1)-L 22: 11.5102 68( 35) L-x(3,5)-A-x-L 23: 11.5102 58( 35) A-x(1,2)-R-x(1,2)-R 24: 11.5102 61( 37) A-A-x(3,5)-R 25: 11.5102 79( 36) A-x(2,3)-R-x(1,2)-R 26: 11.5102 66( 36) L-x(2,3)-E-x(0,1)-E 27: 11.5102 73( 35) L-x(0,2)-E-x-E 28: 11.5102 48( 36) L-x(4)-E-x(1,3)-E 29: 11.5102 62( 35) L-x(4,5)-E-x(0,1)-E 30: 11.5102 72( 37) E-x(0,1)-L-x(2,3)-L 31: 11.5102 70( 35) E-x(3,4)-L-x(2,3)-L 32: 11.5102 85( 37) E-x(4,5)-L-x(1,2)-E 33: 11.5102 99( 35) E-x(3,4)-L-x(1,2)-E 34: 11.5102 141( 43) L-x(1,2)-E-x(3,4)-L 35: 11.5102 103( 42) L-x(0,1)-E-x(4,5)-L 36: 11.5102 105( 35) E-x(1,3)-L-x(2)-E 37: 11.5102 54( 35) E-x(3)-L-x(0,2)-K 38: 11.5102 84( 41) L-E-x(3,5)-L 39: 11.5102 65( 35) L-x(2,3)-L-x(1,2)-E 40: 11.5102 61( 35) L-x(1,3)-L-x(2)-E 41: 11.5102 125( 41) L-x(1,2)-E-x(2,3)-L 42: 11.5102 63( 35) E-x(0,1)-E-x(3,4)-L 43: 11.5102 68( 37) E-x(0,1)-E-x(2,3)-L 44: 11.5102 57( 35) E-x(5)-L-x(1,3)-E 45: 11.5102 62( 36) E-x-E-x(1,3)-L 46: 11.5102 61( 35) E-x(5)-L-x(2,4)-E 47: 11.5102 71( 40) E-x(5)-L-x(0,2)-E 48: 11.5102 53( 35) A-x(3)-R-x(1,3)-R 49: 11.5102 85( 35) A-x(3,4)-R-x(1,2)-R 50: 11.5102 58( 35) R-x(2,3)-A-x(3,4)-R Best Patterns (after refinement phase): fitness hits(seqs) Pattern A 1: 15.7583 35( 35) N-x(3)-A-x(3)-R-x(2)-[KR] B 2: 15.1164 44( 36) L-E-x(5)-L-x(2)-[EQT] C 3: 14.6802 79( 35) E-x(3,5)-L-x(2)-E-x(3,5)-L D 4: 14.6720 48( 36) L-x(2,3)-E-[ILV]-x(2)-L E 5: 14.6164 47( 36) L-E-x(4,5)-L-x(2)-[EQT] F 6: 14.4228 60( 35) L-x(2)-E-x-[ADEQS]-x-L G 7: 14.1570 70( 39) L-x(1,2)-E-x(3,4)-L-[EKR] H 8: 13.9228 66( 37) L-x(1,2)-E-x-[ADEQS]-x-L I 9: 13.9135 62( 35) L-[AEQST]-x-E-x(3,4)-L J 10: 13.9135 56( 35) L-[AEQST]-x-E-x(2,3)-L K 11: 13.4081 73( 36) L-x(1,2)-E-x(2,3)-L-x(4)-[ADEGS] L 12: 13.1490 68( 36) L-x(0,1)-E-x(4,5)-L-x-[ADEQST] M 13: 12.7486 64( 35) L-E-x(3,5)-L-x-[ADEGNQST] N 14: 12.0102 54( 35) L-x(4,5)-A-x-L O 15: 12.0102 38( 35) N-x(2,3)-A-x(4)-R P 16: 11.5102 86( 36) S-x(3,4)-S-x(3,4)-P Q 17: 11.5102 62( 35) A-x(2,3)-S-x(3,4)-S R 18: 11.5102 82( 35) P-x(3,5)-S-S S 19: 11.5102 82( 37) S-x(0,1)-P-x(3,4)-S T 20: 11.5102 103( 35) S-x(4,5)-P-x(0,1)-S U 21: 11.5102 141( 35) S-x(2,4)-S-x(5)-S V 22: 11.5102 68( 35) L-x(0,1)-A-x(0,1)-L W 23: 11.5102 96( 37) S-x(0,1)-P-x(4,5)-S X 24: 11.5102 76( 35) S-x(0,2)-P-x(4)-S Y 25: 11.5102 65( 35) L-x(3,4)-A-x(0,1)-L Z 26: 11.5102 68( 35) L-x(3,5)-A-x-L a 27: 11.5102 58( 35) A-x(1,2)-R-x(1,2)-R b 28: 11.5102 61( 37) A-A-x(3,5)-R c 29: 11.5102 79( 36) A-x(2,3)-R-x(1,2)-R d 30: 11.5102 66( 36) L-x(2,3)-E-x(0,1)-E e 31: 11.5102 73( 35) L-x(0,2)-E-x-E f 32: 11.5102 48( 36) L-x(4)-E-x(1,3)-E g 33: 11.5102 62( 35) L-x(4,5)-E-x(0,1)-E h 34: 11.5102 72( 37) E-x(0,1)-L-x(2,3)-L i 35: 11.5102 70( 35) E-x(3,4)-L-x(2,3)-L j 36: 11.5102 85( 37) E-x(4,5)-L-x(1,2)-E k 37: 11.5102 99( 35) E-x(3,4)-L-x(1,2)-E l 38: 11.5102 105( 35) E-x(1,3)-L-x(2)-E m 39: 11.5102 54( 35) E-x(3)-L-x(0,2)-K n 40: 11.5102 65( 35) L-x(2,3)-L-x(1,2)-E o 41: 11.5102 61( 35) L-x(1,3)-L-x(2)-E p 42: 11.5102 63( 35) E-x(0,1)-E-x(3,4)-L q 43: 11.5102 68( 37) E-x(0,1)-E-x(2,3)-L r 44: 11.5102 57( 35) E-x(5)-L-x(1,3)-E s 45: 11.5102 62( 36) E-x-E-x(1,3)-L t 46: 11.5102 61( 35) E-x(5)-L-x(2,4)-E u 47: 11.5102 71( 40) E-x(5)-L-x(0,2)-E v 48: 11.5102 53( 35) A-x(3)-R-x(1,3)-R w 49: 11.5102 85( 35) A-x(3,4)-R-x(1,2)-R x 50: 11.5102 58( 35) R-x(2,3)-A-x(3,4)-R Best patterns with alignments: fitness hits(seqs) Pattern A 1: 15.7583 35( 35) N-x(3)-A-x(3)-R-x(2)-[KR] Occurrences: 35(35) sw|P05412|AP1_HUMAN : 299- 310: rkrmr NriaAskcRkrK leria sw|P18846|ATF1_HUMAN : 237- 248: irlmk NreaArecRrkK keyvk sw|P15336|ATF2_HUMAN : 387- 398: kfler NraaAsrcRqkR kvwvq sw|P18847|ATF3_HUMAN : 99- 110: rrrer NkiaAakcRnkK kekte sw|P18848|ATF4_HUMAN : 356- 367: kkmeq NktaAtryRqkK raeqe sw|Q9Y2D1|ATF5_HUMAN : 244- 255: kkrdq NksaAlryRqrK raege sw|P18850|ATF6A_HUMAN : 338- 349: qrmik NresAcqsRkkK keyml sw|Q99941|ATF6B_HUMAN : 454- 465: qrmik NresAcqsRrkK keylq sw|P17544|ATF7_HUMAN : 379- 390: rfler NraaAsrcRqkR klwvs sw|O14867|BACH1_HUMAN : 567- 578: rrrsk NriaAqrcRkrK ldciq sw|Q9BYV9|BACH2_HUMAN : 656- 667: rrrsk NriaAqrcRkrK ldciq sw|P16220|CREB1_HUMAN : 293- 304: vrlmk NreaArecRrkK keyvk sw|O43889|CREB3_HUMAN : 201- 212: rrkir NkrsAqesRrkK kvyvg sw|Q02930|CREB5_HUMAN : 385- 396: kfler NraaAtrcRqkR kvwvm sw|Q03060|CREM_HUMAN : 284- 295: lrlmk NreaAkecRrrK keyvk sw|Q10586|DBP_HUMAN : 265- 276: srryk NneaAkrsRdaR rlken sw|P53539|FOSB_HUMAN : 165- 176: vrrer NklaAakcRnrR reltd sw|P15407|FOSL1_HUMAN : 115- 126: vrrer NklaAakcRnrR keltd sw|P15408|FOSL2_HUMAN : 134- 145: irrer NklaAakcRnrR relte sw|P01100|FOS_HUMAN : 154- 165: irrer NkmaAakcRnrR reltd sw|Q16534|HLF_HUMAN : 235- 246: arrrk NnmaAkrsRdaR rlken sw|P17275|JUNB_HUMAN : 278- 289: rkrlr NrlaAtkcRkrK leria sw|P17535|JUND_HUMAN : 278- 289: rkrlr NriaAskcRkrK leris sw|Q9Y5Q3|MAFB_HUMAN : 253- 264: rrtlk NrgyAqscRykR vqqkh sw|Q9ULX9|MAFF_HUMAN : 70- 81: rrtlk NrgyAascRvkR vcqke sw|O15525|MAFG_HUMAN : 70- 81: rrtlk NrgyAascRvkR vtqke sw|O60675|MAFK_HUMAN : 61- 72: rrtlk NrgyAascRikR vtqke sw|O75444|MAF_HUMAN : 298- 309: rrtlk NrgyAqscRfkR vqqrh 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