Tous les traitements de GENETIX (à l'exception de la procédure MANTEL) sont effectués sur des fichiers de données de génotypes multilocus d'organismes diploïdes.

Saisie des données :

L'utilisateur peut saisir ses données à l'aide du tableur intégré dans GENETIX, en suivant alors les indications fournies sur la barre d'état. Lors de la sauvegarde, GENETIX crée un fichier ASCII au format-type. Il est enfin possible d'importer un fichier de l'un des formats suivants :  FSTAT (Goudet 1995) GENEPOP (Raymond & Rousset 1995) ; Texte avec séparateur (blanc, tabulation, ou autre). voir menu Fichier - importer . En fait, n'importe quel fichier de type texte peut être importé dès lors qu'il existe un séparateur entre les génotypes.

S'il y tient vraiment, l'utilisateur peut saisir ses données librement à l'aide d'un éditeur de texte (format ASCII) en respectant le format de fichier ci-dessous. (Il est cependant vivement conseillé d'utiliser les fonctionnalités du tableur intégré de GENETIX).

A saisir	Description
4	nombre de locus
2	nombre de populations
aat1	nom du 1° locus, sur 5 caractères au maximum
1 120	nombre d'allèles, suivi par la liste des allèles codés sur 3 chiffres
aat2	nom du 2° locus
3 100 132 146
adh
2 100 123
est1
4 100 107 110 115
Population i	Nom de la 1° population
3	Taille de l'échantillon
i001 120120 132132 100100 107110	Identifiant de l'individu sur 10 caractères,
i002 120120 132132 100100 107110	suivi de son génotype multilocus dans l'ordre de la liste d'entête (6 chiffres/locus)
i003 120120 100132 100100 110110
Population j	Nom de la 2° population
j001 120120 132132 100100 107107
j002 120120 132132 100123 107107
j003 120120 100132 100100 107107
j004 120120 100100 100123 000000	le génotype au locus est1 de l'individu j004, manquant, est remplacé par 000000
j005 120120 100132 100123 110115

Identificateurs des génotypes monolocus :

Les traitements de données sont prévus pour des organismes diploïdes. Le génotype d'un individu à un locus est codé sous la forme de 6 chiffres (3 chiffres par allèle). L'identifiant d'un allèle peut atteindre la valeur 999. L'identifiant du premier allèle doit être inférieur ou égal à celui du second allèle. Exemples : 001027 100110 255255 028030

Données manquantes :

Celles-ci sont toujours indiquées par 000000 et sont autorisées pour la totalité des individus d'une ou plusieurs populations à un locus donné, mais pas pour toutes ! Attention aux traitements qui ne prennent en considération qu'un sous-ensemble de populations ne possédant pas l'allèle en question. Dans ce cas, GENETIX envoie un message approprié.

Données haploïdes :

Bien que GENETIX ait été conçu pour le traitement de données diploïdes, il est possible d'effectuer l'analyse de données haploïdes en doublant les haplotypes sous la forme de génotypes diploïdes homozygotes. Ceci pourra permettre d'analyser par exemple des données de polymorphisme mitochondrial ou chloroplastique. ATTENTION ! Certains traitements (p. ex. Fis) n'ont alors aucun sens. Idem, LINKDIS dans le cas de données d'ADN mitochondrial.

Restrictions sur la taille des données (pour le tableur) :

Aucune limitation à priori. Seule la quantité de mémoire disponible sur votre ordinateur, fixera cette limite.

Format de fichier pour la procédure MANTEL :

Voir la sélection Mantel .

Menu Fichier : Importer

Cet utilitaire vous permet d'importer un fichier de données codé sous l'un des formats suivants:

Format GENEPOP

Format FSTAT

Format texte avec un séparateur de colonnes: ici est valable tout fichier au format ASCII du type:

aat pgi mpi est2

popun ind1 0102 0102 0305 0404

popun ind2 0101 0102 0305 0405

popdeux ind3 0101 0102 0305 0405

- où la première ligne (optionnelle) énumère les locus (chaque locus sur 6 caractères max.) ;

- la 1° colonne (optionnelle) = identifiant de la population (20 caractères au max.) ; le nom de la

population doit être répété à chaque ligne en respectant la casse majuscule ou minuscule

(i.e. popUN est différent de popun !) ;

- la 2° colonne (optionnelle) = identifiant de l'individu (10 caractères au max.) ;

- colonnes suivantes = génotypes diploïdes aux différents locus. Chaque allèle est codé sur 1, 2 ou 3

caractères (à spécifier lorsqu'apparaît la boîte de dialogue "importer").

Les colonnes doivent être séparées entre elles par le même séparateur (espace, ou tabulation, ou autre à spécifier lorsqu'apparaît la boîte de dialogue "importer").
 

Restrictions sur la taille des données (pour les différents traitement) :

Aucune limitation à priori. Seule la quantité de mémoire disponible sur votre ordinateur, fixera cette limite.
 

N.B. : pour la version 4.05, vous n'avez plus à lancer le programme setup.exe après avoir dézipé.

Pour obtenir la dernière version 4.05 , cliquez sur le fichier zipé suivant, pour le télécharger :
 

Version 4.05 pour windows  : genetix405.zip

N.B. cette version fonctionne uniquement sous Windows 95, 98 et Windows NT

Déziper le fichier dans un répertoire (ex. GENETIX). Les différents fichiers nécessaires au fonctionnement de GENETIX v4.05, vont être copiés sous ce répertoire.

Pour lancer GENETIX, cliquez sur le fichier Genetix.exe. Pour tester son bon fonctionnement, charger sous le tableur intégré, le fichier "test allozymes.gtx" ou "test microsats.gtx" (menu ouvrir) .
(données allozymes publiées dans : Orth, A., Adama, T., Din, W., et Bonhomme, F. 1998. Hybridation naturelle entre deux sous espèces de souris domestique Mus musculus domesticus et Mus musculus castaneus près de Lake Casitas (Californie). Genome, 41 : 104-110.).
(données microsats publiées dans : Naciri, M., Lemaire, C., Borsa, P. & Bonhomme, F. 1999. Genetic study of the Atlantic / Mediterranean transition in sea bass, Dicentrarchus labrax. J. Hered. 90, 591-596.)