SELECTION LINK. DIS.: Black & Krafsur:

Permet le calcul des coefficients du déséquilibre génotypique (Cockerham & Weir, 1977) par paire de locus.

Cette procédure est une adaptation au format GENETIX du programme 'LINKDOS'de Garnier-Géré & Dillmann (1992) qui reprend les algorithmes du programme LINKDIS de Black et Krafsur (1985b). Cux-ci permettent de calculer les fréquences alléliques, les valeurs des corrélations par paire d'allèles (Rij ; i = allèle considéré au locus 1, j au locus 2) ainsi que les déséquilibres génotypiques (Dij), dans le cas de locus multi-alléliques. D est une moyenne pondérée des Dij. Les valeurs obtenues pour les deux paramètres Rij et D sont testées par rapport à zéro par des approximations de khi² selon Weir (1979).

Nous conseillons cependant d'utiliser la procédure de test par permutation "Linkdis sur Permutons"

Pour un ensemble de populations le programme permet également de calculer les composantes intra- et inter- populations de la variance de D (Ohta 1982). Garnier-Géré & Dillmann (1992) proposent un test supplémentaire sur R = moyenne des Rij obtenue par transformation de Fisher.

N.B. : Au lancement de la procédure, vous aurez à définir un seuil de significativité pour les tests de Khi² et choisir les options de sortie des résultats en cochant à l'aide de la souris les cases correspondantes.

Fichier de données: voir construction de fichiers

Fichiers de sortie :

1/ Un fichier contenant le tableau de fréquences alléliques par locus et par population ainsi que sur la totalité des populations.

2/ Un fichier contenant pour chaque couple de locus et pour chaque population où le test est significatif, les valeurs de Tij (nombre de fois où l'allèle i au premier locus et l'allèle j au second locus sont simultanément présents chez un individu), les valeurs de Dij puis le coefficient de corrélation des Rij et les valeurs de Khi2 sur Rij pour chaque paire d'allèle, ainsi que la probabilité qui lui est associée.

Le coefficient de correlation moyen R est défini par Garnier-Géré & Dillmann en effectuant d'abord une transformation de Fisher sur les Rij:

f = 0.5 * ln((1+ Rij)/(1-Rij))

f est approximativement distribuée suivant une loi normale

La valeur moyenne est obtenue par sommation :

moyf = sumf/Nc, avec Nc = nombre de comparaisons entre allèles

Le coefficient de corrélation (R) est finalement obtenu à partir d'une transformation de Fisher inverse :

R = (exp(2*moyf) - 1) / (exp(2*moyf) + 1)

Il est en outre possible d'éditer les tableaux résumant les valeurs Tij, Rij, Khi2 et leurs probabilités associées pour chaque paire de locus et pour chacune des populations analysées.

3/ Un fichier contenant les composantes de la variance du déséquilibre selon Ohta (1982): composantes intra-population, composantes inter-populations et composante sur la totalité des populations.