Cette procédure vous permet d'obtenir des permutations à la carte à partir d'un fichier de données croisées individus x génotypes monolocus (voir construction fichier).

1/ Permutation globale sur les allèles :

Pour chaque locus, les allèles sont permutés sur la totalité de la matrice des données. En d'autres termes, il s'agit d'effectuer un tirage sans remise à partir d'une urne gamétique constituée des allèles de tous les individus de l'échantillon. Cette procédure permet de tester l'hypothèse nulle Fit = 0.

2/ Permutation globale sur les locus :

Ici on effectue un tirage de génotypes monolocus sur la totalité de la matrice des données. L'urne est formée cette fois-ci, pour chaque locus, à partir des génotypes de tous les individus de l'échantillon (tout le fichier).

3/ Permutation globale des individus :

Cette fois-ci on permute les génotypes multilocus individuels (= lignes du fichier) sur la totalité de la matrice des données. Ce type de permutations est utilisé pour tester l'hypothèse nulle Fst = 0.

4/ Permutation des allèles à l'intérieur des populations :

Pour chaque locus, une urne gamétique est construite à partir des allèles des individus de la population. Le tirage aléatoire dans cette urne permet de reconstruire les génotypes monolocus en simulant la panmixie.

Cette procédure est effectuée pour chaque population de votre échantillon. Elle est utilisée pour tester l'hypothèse nulle Fis = 0.

5/ Permutation à l'intérieur des populations sur les locus :

Cette fois-ci ce sont les génotypes monolocus qu'on permute à l'intérieur de chaque population.

Ce type de permutations est utilisé pour tester l'absence de déséquilibre génotypique (corrélations entre locus paire par paire) dans chaque population.

Fichier de données :

Voir Construction de Fichiers.

Fichiers Résultats :

Le programme vous demandera une extension pour vos fichier, tapez par ex. prm comme résultat vous aurez pour chaque permuton un fichier nommé x.prm avec x allant de 0 au nombre de permutations - 1 que vous avez demandé.

N.B. : Assurez vous que l'espace disque est suffisant pour contenir tous les fichiers issus de ce traitement !

Utilisation des fichiers de Résultats :

* Après permutation les individus sont numérotés dans le fichier résultat de 1 à N avec N = nombre d'individus du fichier, précédés de la première lettre qui permet de distinguer les populations entre elles.

Limitations du programme :

Vérifiez bien que vos données respectent les valeurs suivantes :

Nombre maximal de permutons : assurez-vous qu'il reste assez de place sur votre disque dur pour contenir tous les fichiers de résultats !