Introduction
(General content )
Version 4.05 pour Windows TM
Belkhir K., Borsa P., Chikhi L., Raufaste
N. & Bonhomme F. 1996-2004 GENETIX 4.05, logiciel sous Windows TM pour
la génétique des populations. Laboratoire Génome,
Populations, Interactions, CNRS UMR 5000, Université de Montpellier
II, Montpellier (France).
Version 4.05disponible
Nouveautés au 05/05/2004 :
Ceci est la version 4.05 du logiciel GENETIX. Cet ensemble de programmes, fonctionnant sous Windows95 et Windows NT, permet le calcul d'un ensemble de paramètres couramment utilisés en génétique des populations, et propose l'étude de leur signification statistique par l'emploi de tests de ré-échantillonnage de type permutations.
Pour chaque paramètre considéré, la distribution sous l'hypothèse nulle correspondante (par exemple l'équilibre de Hardy-Weinberg pour les F de Wright) est générée par une technique de ré-échantillonnage appropriée (par ex. permutation des allèles entre individus dans le cas du Fis). De fait, cette approche est préférable aux test paramétriques usuels parce que les lois des estimateurs sont en général mal connues, et parce que les niveaux de polymorphisme élevés qui sont rencontrés dans les études impliquant des locus hypervariables produisent des tableaux de contingence avec peu d'observations dans chaque case. Les procédures d'inférence statistique par permutation proposées par GENETIX constituent une alternative aux ré-échantillonnages de type "bootstrap" ou "jackknife" ainsi qu'aux tests exacts quand ces derniers sont disponibles (voir GENEPOP; Raymond & Rousset 1995). Le bootstrap et le jackknife permettent une estimation de l'intervalle de confiance autour de la valeur observée, alors que les tests par permutations et les tests exacts estiment la probabilité d'écart à zéro sous l'hypothèse nulle.
Une adaptation du test de Mantel à l'étude des corrélations entre matrices de distances est également disponible. GENETIX contient également un programme d'analyse factorielle des correspondances adapté aux génotypes diploà¯des et fournissant des sorties graphiques en 3D.
Conception du logiciel : GENETIX est organisé autour d'un éditeur de fichiers de données (tableur) analogue à une feuille de calcul Excel. Ainsi, il existe un seul fichier de base (NOMFICH.GTX) regroupant les données génotypiques individuelles multilocus pour l'ensemble des individus de toutes les populations à tous les locus. Un certain nombre de menus déroulants sont proposés, qui permettent d'effectuer les traitements dont les détails sont donnés ci-après . Pour la plupart des traitements (FSTATS, LINKDIS, Distances génétiques), GENETIX donne le choix entre un simple calcul de paramètres, ou bien la réalisation d'un test de ré-échantillonnage par permutations. Pour un traitement donné, il est possible de sélectionner des sous-ensembles de populations et / ou de locus ; choisir alors l'option de traitement affichée avant son lancement.
Programmation : GENETIX 4.05 a été développé à l'aide du logiciel Delphi TM, version 5.0.
Configuration matérielle : Sont requis un ordinateur compatible IBM possédant un système d'exploitation Windows 95, Windows NT ou versions ultérieures, ainsi que les caractéristiques minimales suivantes : espace-disque disponible > 4 Mo ; RAM > 8 Mo ; processeur de type Intel 386 ou supérieur.
Référence :
Belkhir K., Borsa P., Chikhi L., Raufaste
N. & Bonhomme F. 1996-2004 GENETIX 4.05, logiciel sous Windows TM pour
la génétique des populations. Laboratoire Génome,
Populations, Interactions, CNRS UMR 5171, Université de Montpellier
II, Montpellier (France).
e-mail
: genetix @ univ-montp2.fr
tél. : (33)
(0)4 67 14 38 87
fax : (33) (0)4 67
14 45 54
This set of programs
computes several basic parameters of population genetics such as Nei's
D and H, Wright's F-statistics (the Weir-Cockerham's and Robertson-Hill's
estimators), and linkage disequilibrium D according to Black & Krafsur.
For each of them, the distribution of the parameter values under the null
hypothesis (for instance Hardy-Weinberg equilibrium for Fstats) is generated
by the appropriate resampling scheme of the relevant objects (e.g. alleles
between individuals in the case of Fis) using permutations. Classical parametric
tests are known to have limited power; first, because the distributions
of the estimators are in general poorly known; second, because the high
levels of genetic polymorphism encountered in genetic studies implying
hypervariable loci yield contingency tables with few observation in each
box. The permutation-based statistical inference procedures implemented
in GENETIX represent an alternative to bootstrapping and jack-knifing,
or to exact probability tests when available (see GENEPOP; Raymond &
Rousset 1995). Bootstrapping and jackknifing provide an estimate of the
confidence interval around the observed value, whereas permutation and
exact tests estimate the probability value of departure from the null hypothesis.
In addition, an adaptation of Mantel's test for the correlation between
distance matrices is available. A correspondence analysis program adapted
to individual diploid genotypes, with tridimensional graphics, is also
implemented.
The software has
been developed in Inprise Delphi and runs under the Windows 95 and Windows
NT operating systems. There are no longer constraints on the size of
the data set, either number of individuals or loci. It is organised
around a data sheet in the Microsoft Excel fashion, and can import and
export data from and towards several other genetics packages. It can also
be used as a convenient data entry system. It provides an on-line help,
and displays various graphical representations of the outputs.
Here is the download area