Cette procédure permet de réaliser des tests de significativité des valeurs observées des estimateurs de Fit, Fis et Fst ( Fst Weir & Cockerham, 1984, l'estimateur pondéré selon Robertson & Hill ainsi que sa correction (estimateur RH’) selon Raufaste & Bonhomme (00)) en effectuant un certain nombre (choisi par l'utilisateur) de permutations sur le fichier de données. L'idée sous-jacente est d'obtenir la distribution de l'estimateur sous l'hypothèse nulle H0 de l'équilibre de Hardy-Weinberg. La valeur observée sur les données réelles est ensuite comparée à la distribution obtenue, et permet d'obtenir une estimation de la probabilité d'obtenir une valeur >ou = à la valeur observée sous H0.

Un histogramme représentant les différentes classes de valeurs obtenues par permutations, et positionnant la valeur réelle parmi celles-ci, peut être affiché à l'écran. Voir le choix Graphique : dans le menu Outils.
 

Ces procédures permettent d'éviter les inconvénients de tests couramment utilisés tels les approximations de Khi² proposées par Brown (1970) pour Fis et Workman & Niswander (1970) pour Fst. Alternativement, des tests exacts peuvent être effectués (voir alors Raymond & Rousset, 1995).

Trois séries de permutations (voir permutations ) sont automatiquement effectuées : une permutation globale sur les allèles, une permutation des allèles à l'intérieur de chaque population, et une permutation globale des individus.

a/ Les valeurs de Fit :

Sont calculées après permutation globale sur les allèles.

Les résultats sont stockés dans le fichier votrefich.fit (la racine "votrefich" et le nombre de permutations sont à saisir par l'utilisateur avant de lancer la procédure).

b/ Les valeurs de Fis :

Sont calculées après permutation des allèles à l'intérieur de chaque population.

Les résultats sont stockés dans le fichier votrefich.fis

c/ Les valeurs de Fst :

Sont obtenues après une permutation globale des individus. Les génotypes sont donc conservés, Ce type de permutation sur les génotypes et non les allèles permet de s'affranchir de la non-indépendance des allèles à l'intérieur des individus quand le Fis est différent de zéro .

Les résultats sont stockés dans le fichier votrefich.fst  pour les Fst Weir & Cockerham, 1984,
Les résultats sont stockés dans le fichier votrefich.RH  pour l'estimateur pondéré selon Robertson & Hill
Les résultats sont stockés dans le fichier votrefich.RHcor  pour la correction de Raufaste et Bonhomme
 

Sélection Fstats : Fis par pop. sur permutations :

Pour les fis un calcul détaillé par population et pour chaque locus peut être éffectué à l'aide du menu "Fis par pop. sur permutations".
En sortie de ce programme, on obtient un fichier (avec .fis comme extension par défaut ) donnant pour chaque population analysée
la valeur du fis (calculé sur la totalité des locus) sur données réelles ainsi que le pourcentage de valeurs > et de valeurs < à cette dernière.
Si l'option détail pour chaque locus est choisie, la sortie comporte également les valeurs de fis calculées locus par locus pour chaque population.

Fichier de données : voir construction de fichiers