Histoires évolutives et autres comptes
Algorithmes et graphes pour la bioinformatique

Habilitation à diriger les recherches (H.D.R.)

Soutenue le 4 novembre 2016 à Montpellier

Jury

Nadia El Mabrouk	Professeure, Université de Montréal, Canada	Rapportrice
Hélène Touzet	DR CNRS, Université de Lille	Rapportrice
Stéphane Vialette	DR CNRS, Université Paris-Est Marne-la-Vallée	Rapporteur
Alain Guénoche	DR CNRS, Université Marseille	Examinateur
Vincent Ranwez	Professeur, Montpellier SupAgro	Examinateur
Mireille Régnier	DR INRIA, École polytechnique	Examinatrice

Résumé

Les travaux de recherche que je présente dans ce mémoire s'articulent autour des thèmes de l'alignement de séquences, de la génomique comparative et de la coévolution. Le lien entre ces thématiques est la reconstruction d'histoires évolutives. Je décris quatre problèmes en suivant à la fois l'ordre chronologique de ces travaux et la taille croissante des objets biologiques auxquels je me suis intéressée :

• Alignement de séquences répétées en tandem ;
• Scénarios évolutifs entre marqueurs génomiques (codés sous forme de permutations), sous deux modèles évolutifs différents (inversions et DCJ) ;
• Reconstruction de génomes ancestraux et amélioration des assemblages de génomes actuels (DeCo et ARt-DeCo) ;
• Alignement multiple de génomes complets de bactériophages (génomes mosaïques).

Tous ces travaux font appel à de l'algorithmique de graphe et de texte. Nous avons appliqué nos solutions à des données biologiques conduisant à diverses applications. Inférer des histoires évolutives nous a permis d'aligner des séquences, de donner accès à la structure de génomes ancestraux ou d'améliorer les assemblages de génomes dans les bases de données.

La dernière partie de ce mémoire est consacrée à l'exposé de mes projets de recherche. Ils s'inscrivent dans les thématiques de la coévolution et de l'alignement de séquences avec des applications à l'assemblage de génomes et à l'aide à l'annotation.

Mémoire : .pdf - Présentation : .pdf

	Severine.Berard{À}umontpellier.fr	ISE-M, UMR 5554 CNRS/UM
	Tél. : (33/0) 467 14 32 61	Place Eugène Bataillon - C.C. 064
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	Dernières modifications partielles le 1 avril 2022