Logiciels

DeCoSTAR

DeCoSTAR Suite logicielle comprenant toutes les versions de DeCo : DeCoLT, ARt-DeCo, ADSeq ainsi que DeClone et ECCETerra.

ALPHA (ALignement of bacterioPHAges)

ALPHA est un logiciel d'alignement multiple de génomes de bactériophages.
Krister Swenson, Sèverine Bérard, Anne Bergeron et Annie Chateau

ARt-DeCo (Assembly Recovery through DeCo)

ARt-DeCo (disponible sur demande) Ce logiciel basé sur DeCo permet, en plus de reconstruire un ordre de gènes pour des génomes ancestraux, de proposer de nouvelles adjacences entre gènes de génomes actuels et de compléter ainsi les assemblages actuels.
Yoann Anselmetti et Sèverine Bérard

DeCo (Detection of Co-evolution)

DeCo est un logiciel permettant de reconstruire l'évolution des relations entre gènes.
Sèverine Bérard

SimCT (Similarity Clustering Tree)

SimCT est un logiciel générique de visualisation de relations entre entités biologiques basées sur les ontologies.
Sèverine Bérard, Laurent Tichit et Carl Herrmann

MS_Align (Mini-Satellite Alignment)

MS_Align est un logiciel d'alignement de séquences répétées en tandem.
Sèverine Bérard

	Severine.Berard{À}umontpellier.fr	ISE-M, UMR 5554 CNRS/UM
	Tél. : (33/0) 467 14 32 61	Place Eugène Bataillon - C.C. 064
	Fax : (33/0) 467 14 36 22	34095 Montpellier cedex 05 - France
	Dernières modifications partielles le 1 avril 2022